文殊院始建于隋朝大业年间，历经唐、五代、宋、元、明诸朝，过去称为信相院、信相寺，直至清朝康熙三十六年（1697年）之后，才更名为文殊院。其寺名由来就与第一代方丈慈笃禅师有关。

    清初时，慈笃超存禅师（1659—1720），先投信相井觑老和尚门下披度出家，后依昭觉寺丈雪通醉禅师（1610—1693）座下受具，嗣法华岩寺圣可禅师（1628—1720），初住锦城报国寺。

    大约在康熙二十年（1681年），慈笃禅师来到信相院荒废的遗址，发愿修复其剃度师信相井觑老和尚卓锡之道场。因信相院在战火中已成荒墟，乃栖身于二株古衫之间，秉持禅修，结茅而居。历数载后，盖由修持卓异，在禅定中显现火光瑞相，老百姓觉得神奇而不可思议，认为他是“文殊菩萨”现世。时人仰慕慈笃禅师密行，遂感官府、士大夫等鼎立支持，着手信相院复兴大计。

    康熙三十三年（1694），信相院复兴已初具规模，受抚参尔吉图、太守张祥裔、陈文学及僧官通慈礼请，正式驻锡信相院，全力肩负起复兴重任，并改信相院为信相文殊院。开堂接众，施以禅道。自康熙三十三年至康熙四十八年之间，相继在原信相院废墟上，披荆斩棘，相继建成大雄宝殿、三大士殿、法堂、藏经楼、三门、钟鼓楼、两厢斋寮等，殿堂设施，莫不完备，妙像庄严，咸臻精妙，见者起敬，至者肃然，爰易新额，顿还旧观。四方禅僧，归投座下，机锋对答，扣问法要，禅风大振，盛极一时。

    盖因慈笃禅师德行高洁，望重十方，声名远播，达于京城。康熙帝闻此，乃三次书诏，慈笃禅师皆婉力回谢。至康熙四十一年（1702），康熙帝亲书“空林”横幅、“哭海月诗”中堂、御书《药师经》、《金刚经》等，派专使赐送文殊院慈笃禅师，并御赐慈笃禅师开坛传戒、度僧说法。由兹可以窥见慈笃禅师于当时之世影响之一斑。由于康熙帝的赐封，对文殊院在清代中兴以来，产生了极大的推动作用，以至雍正乙卯年（1735），果亲王受雍正帝派遣，赴康藏送达赖喇嘛回藏，途经成都，果亲王在成都期间，除瞻礼名胜古迹外，曾亲临文殊院礼佛，并题写墨宝三件赠留文殊院。果亲王此举，为文殊院后来的发展，也产生了不可估量的影响。前有康熙帝的钦赐，更有果亲王的亲临，地方宰官、士大夫也鼎力护持，铸就了文殊院在清初中兴以来，道风日远，宗风远播的鼎盛局面。

    慈笃海月禅师先后四次，住持文殊院法席近三十年。慈笃禅师在卓锡文殊院的过程中，除昼夜勤劳，创建招提外，还随缘化众，接引群迷，说法上堂，拈提颂古，示众普说，勘验机缘，座下盈众，法筵广开。嗣法门人20余人，并有二十卷《慈笃和尚语录》一部行世。在禅定中显现火光瑞相，老百姓觉得神奇而不可思议，认为他是“文殊菩萨”现世。